I Chiostri di Sant’Eustorgio sorgono in uno dei luoghi più significativi dal punto di vista della storia della chiesa ambrosiana. Proprio qui accanto infatti San Barnaba, secondo la tradizione, avrebbe battezzato i primi cristiani milanesi dando origine alla chiesa locale.
Nel complesso aveva sede, già a partire Duecento, il primo convento domenicano milanese e i due chiostri, nei quali hanno sede il Museo della Basilica di Sant’Eustorgio e il Museo Diocesano Carlo Maria Martini sono dunque ciò che resta di quell’antico convento. Il primo, annesso al fianco sinistro della basilica già esistente, fu costruito alla fine del terzo decennio del XIII. Non si sa esattamente a quando risale il secondo chiostro, forse edificato grazie all’interessamento di Filippo Maria Visconti nel 1413.
Nel 1526 in seguito agli scontri fra truppe spagnole e francesi, gran parte del convento venne distrutto e solo qualche decennio più tardi si cominciò la sua ricostruzione.
Il primo chiostro presenta oggi un porticato con colonnine, probabilmente frutto di rifacimenti del XVII secolo. Il secondo, forse progettato da architetti come Carlo Buzzi o Francesco Maria Richini, è porticato su tre lati e presenta eleganti colonnine binate in granito.
Alla fine del XVIII secolo, i domenicani furono allontanati e il convento venne utilizzato dall’esercito napoleonico e poi dai militari austriaci che causarono ingenti danni. Nel corso del XIX secolo sono documentati interventi di restauro, prevalentemente rivolti alla chiesa mentre i chiostri furono utilizzati come caserma fino al 1911, anno dell’acquisizione del complesso da parte del Comune di Milano. Il bombardamento aereo del 15 agosto 1943 lasciò il complesso in precarie condizioni: il primo chiostro, meno danneggiato, passò alla parrocchia, mentre, del secondo era stato interamente distrutto il lato nord e scoperchiato il primo piano degli altri tre lati.
Nel 1960 si stabilì una convenzione, tra Comune, Diocesi e parrocchia, per il riordino del complesso monumentale ma i lavori iniziarono solamente negli anni Ottanta.
Dal 2016 Chiostri di Sant’Eustorgio sono un complesso museale che offre alla città un’unica proposta culturale, con biglietteria unica e programma culturale integrato.
Il complesso museale è composto dalla Basilica di Sant’Eustorgio, dal Museo della Basilica di Sant’Eustorgio e dal Museo Diocesano Carlo Maria Martini.