L’ancona della Passione, al centro del presbiterio, è un’opera monumentale realizzata per volontà di Gian Galeazzo Visconti dal 1395 al 1402. Il dossale è suddiviso in nove scomparti a bassorilievo, con quello centrale di altezza doppia rispetto agli altri e raffigurante la Crocifissione con la Vergine e S. Giovanni.
Le altre formelle, da leggersi dal basso a sinistra, e poi continuando con la fila superiore, a partire da sinistra raffigurano l’Orazione nell’orto, il Bacio di Giuda, Cristo davanti a Caifa, Cristo flagellato, Cristo davanti a Pilato, la Salita al Calvario, Cristo deposto nel sepolcro e compianto, la Discesa al Limbo.
L’ancona fu in passato attribuita a Giovannino de’ Grassi, ma probabilmente si possono scorgere tre mani diverse. Il primo artista ha eseguito i rilievi delle formelle, a eccezione dell’Orazione nell’orto, dove si riscontra un grande affollamento di personaggi e una spiccata attenzione a certi dettagli di costume, oltre a un gusto per la narrazione precisa e puntuale e una notevole drammatizzazione. Le statuette a tutto tondo con gli Apostoli, nella parte superiore, sono invece da riferire a un secondo maestro. Di altissimo livello qualitativo sono infine la Crocifissione e l’Orazione nell’orto, riferite a Jacopino da Tradate. Queste due scene, di grande qualità, sono caratterizzate da una straordinaria abilità nella definizione dei panneggi, nell’attenzione alla gestualità e dalla ricerca di espressività psicologica.