La cappella dei Magi si trova nel transetto destro della basilica ed è formata da due vani affiancati. La parete d’ingresso alla cappella presenta in alto un affresco con l’Adorazione dei Magi, attribuito ad un maestro lombardo di fine Quattrocento.
Nel vano a destra è collocato un antico sarcofago romano di pietra decorato solo con una stella cometa e con una scritta settecentesca: «sepulcrum trium magorum». Secondo la tradizione le spoglie dei Magi sarebbero state trasportate dal vescovo Eustorgio da Costantinopoli a Milano proprio all’interno di esso.
Nel vano sinistro della cappella, sopra l’altare, è collocata l’Ancona dei Magi, un trittico marmoreo con formelle cuspidate; in cima a quella centrale si trova un trondo con la Crocifissione, e sopra le laterali due angeli a tutto tondo. Le formelle raffigurano episodi evangelici legati alla storia dei Magi, con al centro l’Adorazione del Bambino. Oggi è riferita all’ambito di Bonino da Campione.
Nella nicchia sopra l’altare è custodito il reliquiario novecentesco contenente le reliquie dei Re Magi, qui ricollocate dopo la restituzione, avvenuta nel 1903 e oggetto di grande devozione.