Il grande Crocifisso dipinto, collocato sopra il presbiterio, è attribuito al Maestro della Cappella Dotto, anonimo autore degli affreschi che un tempo decoravano la cappella Dotto nella chiesa degli Eremitani a Padova. Il pittore, attivo tra Padova e Venezia tra il 1270 e il 1315 circa, è una delle personalità più importanti dell’area veneta a cavallo tra Duecento e Trecento.
Il suo stile risente sia dell’influenza della pittura bizantina, sia delle nuove tendenze occidentali volte alla resa realistica e alla raffigurazione prospettica. Il corpo di Cristo appare emaciato, intriso di un funereo colore verdognolo con ombre pesanti, ed è caratterizzato da un crudo realismo, come si vede nei capelli appiccicati alla spalla bagnata di sudore o nel perizoma che si sta impregnando di sangue.