L’asse portante della collezione del Museo è costituito dalle opere provenienti dalle parrocchie del vasto territorio della Diocesi ambrosiana, un’area culturalmente e artisticamente ricchissima. L’apertura del Museo nel 2001 è stata preceduta da indagini e sopralluoghi nel territorio che hanno portato ad individuare in alcuni casi veri e propri tesori fino a quel momento non noti e ad avviare un’azione di recupero, restauro e valorizzazione del patrimonio artistico. Sono stati selezionati dipinti su tavola e su tela, sculture lignee e marmoree e oggetti di arredo liturgico, che non erano oggetto di devozione locale e che in molti casi presentavano problemi conservativi, e sono stati pertanto restaurati, o erano a rischio di furto.
La proprietà delle opere è tuttora delle singole parrocchie, che qui le hanno lasciate in forma di deposito.
Sono qui presentate solamente le opere esposte nelle sale del museo, ordinate cronologicamente.