La cappella Visconti (quarta a destra) è intitolata a S. Tommaso, e venne realizzata nel 1297 su commissione di Matteo Visconti, vicario imperiale e capitano del popolo. La volta, che si estende sulla navata destra è affrescata con Quattro evangelisti, seduti entro fantasiose edicole architettoniche, probabilmente realizzati da un artista di ambito emiliano verso il secondo decennio del Trecento, come suggerito dalla forte carica espressiva e dalla definizione dei ricchi panneggi.
Gli affreschi delle pareti in alto risalgono invece alla seconda metà del Trecento.
A destra S. Giorgio e la principessa , databile all’ottavo decennio del XIV secolo e attribuito al Maestro di Lentate, anonimo pittore così chiamato dal luogo in cui si trova un oratorio da lui affrescato.
A sinistra , il Trionfo di S. Tommaso, con al centro il santo benedicente che tiene in mano il libro aperto, simbolo della dottrina, mentre, in alto, Cristo benedicente, gli evangelisti e i profeti, tutti con il libro in mano, rappresentano la conoscenza come frutto dell’ispirazione divina. Al livello mediano, di fianco a Tommaso, vi sono altri dottori della Chiesa, simbolo della scienza religiosa e teologica. Nella parte inferiore alcuni personaggi che rappresentano l’apprendimento: discepoli di S. Tommaso, ma anche eretici, come il personaggio seduto di spalle con abiti di foggia orientale e un cappello a tese larghe sul capo.
Sulla parete destra è collocato il monumento sepolcrale di Stefano e Valentina Visconti (1359), riferibile a Maestri campionesi. Sul fronte del sarcofago sono rappresentati: al centro, la Madonna col Bambino; a sinistra, Stefano Visconti presentato a Gesù benedicente da S. Stefano, e due santi; a destra, la Vergine stende la mano in segno di protezione verso Valentina Visconti, presentata da S. Giovanni Battista e seguita da altri due santi. I personaggi sembrano muoversi liberamente nello spazio, effetto dovuto anche alla mancanza di suddivisione fra i tre episodi.