Un cospicuo gruppo di opere delle collezioni del Museo proviene, grazie all’illuminata iniziativa del Cardinale Martini, dalla Quadreria Arcivescovile, da cui sono giunti molti dipinti delle antiche collezioni degli arcivescovi milanesi e che riflettono i loro diversi orientamenti culturali.
Fra queste, il Museo conserva cinque opere della collezione del cardinale Federico Visconti (1617-1693), composta da numerosi dipinti quasi tutte di artisti del XVII secolo, in parte appartenenti alla collezione di famiglia, in parte acquisiti sul mercato antiquario o anche commissionate direttamente dallo stesso cardinale. Fra le opere più importanti spicca la preziosa tavoletta di Giovan Battista Crespi detto il Cerano raffigurante San Carlo in gloria.
La Santa Chiara di Carlo Francesco Nuvolone detto Panfilo fa invece fa parte del nucleo di 24 dipinti donati nel 1685 da Ignazio Francesco Riccardi, prelato di Santa Maria Fulcorina alla sede Arcivescovile milanese.